1538 óta megszakítás nélkül működik ugyanazon a helyen a Debreceni Református Kollégium, az "ország iskolája", a debreceni egyetem bölcsője, a magyar szellemi élet sok kiemelkedő képviselőjének alma matere. Falai között olyan neves emberek nevelkedtek mások mellett, mint Szenci Molnár Albert, Medgyesi Pál, Debreceni Ember Pál, Kazinczy Ferenc, Pálóczi Horváth Ádám, Fazekas Mihály, Csokonai Vitéz Mihály, Kölcsey Ferenc, Arany János, Ady Endre, Móricz Zsigmond, Gulyás Pál, Szabó Lőrinc, Szabó Magda, Sarkadi Imre vagy Sánta Ferenc.
A professzorok közül a legismertebbek Hatvani István, Maróthy György és Kerekes Ferenc. A reformáció századában alapított hazai református iskolák közül a debreceni az egyik legnevezetesebb, a magyar iskoláztatás sajátos és értékes letéteményese. Története során sokféle jelzővel illette a róla szóló gazdag irodalom: kiterjedt beiskoláztatása révén így lett az "ország iskolája", hitvallásos elkötelezettsége miatt "kősziklán épült vár", tudatosan vállalt tehetséggondozó szándékának köszönhetően a "szegények iskolája", végül a szocializmus évtizedeiben "menedék" volt.
A debreceni hitújítás során a domonkosok laikus, latin nyelvű iskoláját a szerzetesek elköltözése után, 1538-ban a reformáció egyháza vette át. A kollégiumban hamarosan felső tagozatot is létesítettek, az alma mater a magyar művelődéstörténet kiemelkedő intézménye lett, döntő hatással volt az egész Tiszántúl kulturális fejlődésére, valamint az európai nevelésügy szolgálatába is állt. A wittenbergi egyetem szabályzatán alapuló diákönkormányzati rendszerben a diákköztársaság gazdasági és fegyelmi ügyeit a Coetus studiorum intézte, élén a szeniorral. A rektor professzor csupán a tanulmányok vezetését látta el.
A diákok paraszti, kézműves, polgári, kisnemesi családokból kerültek ki, tanulmányaik végeztével, vagy sokszor évekig tartó külföldi tanulmányútjukról visszatérve a falvakban és mezővárosokban kamatoztatták szellemi kincseiket. Munkájuknak köszönhetően falusi iskolák százai létesültek, magyar nyomdák keltek életre, a magyar Alföld templomokkal népesült be, amelyekben magyar nyelven tartották az istentiszteleteket. A kollégiumi könyvtárba, a mai 600 ezer kötetes Nagykönyvtárba az Európát bejáró ösztöndíjas hallgatók gyűjtötték a mindenkori haladó tudományok legértékesebb műveit, de emellett az iskola tankönyvekkel, tanszerekkel, térképekkel látta el a falusi tanodákat is. Az intézményt minden időben a magyar nép áldozatkészsége, folyamatos szellemi és anyagi támogatása tartotta fenn, ezért is szolgálhatta az egyetemes emberi művelődést és haladást.
Az 1848-49-es forradalom és szabadságharc idején a Debrecenbe menekült kormány forradalmi országgyűléseinek színhelye volt a kollégium imaterme, az oratórium, s az épületben működött a bankjegynyomda is, a diákok és tanárok közül sokan részt vettek a szabadságharcban. Másodszor is történelmi helyszínné vált az oratórium a második világháború idején, 1944. december 21-én, amikor itt alakult meg az Ideiglenes Nemzetgyűlés.
Az 1945 utáni évtizedekben erősen korlátozott körülmények között működhetett tovább a gimnázium. Napjainkra az óvodától az egyetemig minden közoktatási és felsőoktatási szinten folyik a nevelőmunka. Az ősi iskola kibővült, a város több pontján rendelkezik épületekkel, helyet ad az egyházkerületi és kollégiumi tudományos gyűjteményeknek (Nagykönyvtár, múzeum, levéltár), a négyosztályos gimnáziumnak és a fiúinternátusnak, valamint a Hittudományi Egyetem hitéleti képzéseinek és a teológusinternátusnak. A kollégiumé Magyarország legrégebbi, folyamatosan működő kórusa, az 1739-ben alapított Magyar Örökség-díjas Kollégiumi Kántus.
Az alma matert az igazgatótanács irányítja, melynek elnöke a Hittudományi Egyetem mindenkori rektora.