1538 óta megszakítás nélkül működik ugyanazon a helyen a Debreceni Református Kollégium, az "ország iskolája", a debreceni egyetem bölcsője, a magyar szellemi élet sok kiemelkedő képviselőjének alma matere. Falai között olyan neves emberek nevelkedtek mások mellett, mint Szenci Molnár Albert, Medgyesi Pál, Debreceni Ember Pál, Kazinczy Ferenc, Pálóczi Horváth Ádám, Fazekas Mihály, Csokonai Vitéz Mihály, Kölcsey Ferenc, Arany János, Ady Endre, Móricz Zsigmond, Gulyás Pál, Szabó Lőrinc, Szabó Magda, Sarkadi Imre vagy Sánta Ferenc.
A  professzorok közül a legismertebbek Hatvani István, Maróthy György és  Kerekes Ferenc. A reformáció századában alapított hazai református  iskolák közül a debreceni az egyik legnevezetesebb, a magyar  iskoláztatás sajátos és értékes letéteményese. Története során sokféle  jelzővel illette a róla szóló gazdag irodalom: kiterjedt beiskoláztatása  révén így lett az "ország iskolája", hitvallásos elkötelezettsége miatt  "kősziklán épült vár", tudatosan vállalt tehetséggondozó szándékának  köszönhetően a "szegények iskolája", végül a szocializmus évtizedeiben  "menedék" volt.
 A debreceni hitújítás során a domonkosok laikus,  latin nyelvű iskoláját a szerzetesek elköltözése után, 1538-ban a  reformáció egyháza vette át. A kollégiumban hamarosan felső tagozatot is  létesítettek, az alma mater a magyar művelődéstörténet kiemelkedő  intézménye lett, döntő hatással volt az egész Tiszántúl kulturális  fejlődésére, valamint az európai nevelésügy szolgálatába is állt. A  wittenbergi egyetem szabályzatán alapuló diákönkormányzati rendszerben a  diákköztársaság gazdasági és fegyelmi ügyeit a Coetus studiorum  intézte, élén a szeniorral. A rektor professzor csupán a tanulmányok  vezetését látta el. 
 A diákok paraszti, kézműves, polgári,  kisnemesi családokból kerültek ki, tanulmányaik végeztével, vagy sokszor  évekig tartó külföldi tanulmányútjukról visszatérve a falvakban és  mezővárosokban kamatoztatták szellemi kincseiket. Munkájuknak  köszönhetően falusi iskolák százai létesültek, magyar nyomdák keltek  életre, a magyar Alföld templomokkal népesült be, amelyekben magyar  nyelven tartották az istentiszteleteket. A kollégiumi könyvtárba, a mai  600 ezer kötetes Nagykönyvtárba az Európát bejáró ösztöndíjas hallgatók  gyűjtötték a mindenkori haladó tudományok legértékesebb műveit, de  emellett az iskola tankönyvekkel, tanszerekkel, térképekkel látta el a  falusi tanodákat is. Az intézményt minden időben a magyar nép  áldozatkészsége, folyamatos szellemi és anyagi támogatása tartotta fenn,  ezért is szolgálhatta az egyetemes emberi művelődést és haladást. 
 Az  1848-49-es forradalom és szabadságharc idején a Debrecenbe menekült  kormány forradalmi országgyűléseinek színhelye volt a kollégium  imaterme, az oratórium, s az épületben működött a bankjegynyomda is, a  diákok és tanárok közül sokan részt vettek a szabadságharcban. Másodszor  is történelmi helyszínné vált az oratórium a második világháború  idején, 1944. december 21-én, amikor itt alakult meg az Ideiglenes  Nemzetgyűlés.

Az 1945 utáni évtizedekben erősen korlátozott körülmények  között működhetett tovább a gimnázium. Napjainkra az óvodától az  egyetemig minden közoktatási és felsőoktatási szinten folyik a  nevelőmunka. Az ősi iskola kibővült, a város több pontján rendelkezik  épületekkel, helyet ad az egyházkerületi és kollégiumi tudományos  gyűjteményeknek (Nagykönyvtár, múzeum, levéltár), a négyosztályos  gimnáziumnak és a fiúinternátusnak, valamint a Hittudományi Egyetem  hitéleti képzéseinek és a teológusinternátusnak. A kollégiumé  Magyarország legrégebbi, folyamatosan működő kórusa, az 1739-ben  alapított Magyar Örökség-díjas Kollégiumi Kántus.
 Az alma matert az igazgatótanács irányítja, melynek elnöke a Hittudományi Egyetem mindenkori rektora.